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El museo es un proyecto conjunto entre la Embajada de Francia y la Municipalidad de Santa María, con el apoyo de la Gobernación de Misiones.
Del acto de apertura participaron el gobernador de Misiones Derlis Maidana (ANR), el jefe de la Comuna local Damián García (PLRA), el embajador de Francia Jean Christophe Potton, el exembajador francés Denis Vene, Liz Cramer y Koki Ruiz. La idea había nacido del exembajador Vene, entre el año 2004 y 2007.
El mismo señaló que se eligió el lugar considerando que en el lugar vivió Aimé Bonpland, naturalista francés, que fue confinado por el doctor José Gaspar Rodríguez de Francia, por diez años. El museo expone reproducciones de documentos, manuscritos e imágenes de Bonpland. Además, se montó una huerta con las plantas medicinales descubiertas o estudiadas por el científico francés y se abrirá una biblioteca.
La antigua casa pertenece a Denis Vene, quien la cedió en calidad de préstamo.