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El museo es una iniciativa de Denis Vène, quien fue embajador de Francia en Paraguay entre los años 2004 y 2007.
Aimé Bonpland, cuyo nombre en castellano es Amadeo, vivió diez años en Paraguay, entre 1821 y 1831, confinado en Santa María de Fe durante la dictadura de Rodríguez de Francia. En esos años realizó muchos trabajos de investigación y anotaciones sobre botánica. Una vez liberado por el Dr. Francia, decidió quedarse en Paraguay por tres años más.
Bonpland (1773-1858) llegó a América con la expedición de Alexander von Humboldt. Durante su cautiverio muchas personalidades e instituciones trataron de conseguir su libertad, entre ellos el propio Simón Bolívar.
El inmueble donde estará el museo es propiedad del exembajador de Francia en Paraguay Denis Vène, quien cede el predio en calidad de préstamo. Se trata de una casa pequeña que fue escuela jesuita en la época de la reducción.
La materialización del museo fue posible con el apoyo del Ministerio de Relaciones Exteriores, la Embajada de Francia y el Acuerdo de Cooperación firmado por el Intendente Municipal de Santa María de Fe, Damián García Roa, y el alcalde encargado de Cultura de la ciudad de La Rochelle, Jean-Francois Fountane, por tratarse del lugar de nacimiento del científico francés.
En la inauguración estarán presentes el intendente de Santa María, el actual embajador de Francia, Jean-Christophe Potton; Margarita Morselli, directora del Centro Cultural de la República El Cabildo, y Denis Vène, impulsor de la idea.